Le conseil fédéral détermine les politiques générales, les objectifs majeurs, les grandes lignes d’action et les grandes priorités de la Fédération. Plus particulièrement, il adopte les orientations relatives à l’ensemble des champs de préoccupation de la FSE : relations du travail, négociation, questions pédagogiques et professionnelles.

Lors de la prise de décision, chaque représentante ou représentant d’un syndicat affilié dispose d’un nombre de votes déterminé en fonction du nombre de membres cotisants.

Le conseil fédéral doit tenir au moins cinq rencontres par année. Cependant, dans la réalité, il n’est pas rare qu’il dépasse et double même ce nombre, particulièrement durant les périodes de négociation.